Esa Ruuttunen opiskeli aluksi teologiaa ja toimi ennen ammattilaulajan uraansa kymmenen vuoden ajan papin virassa Helsingissä Temppeliaukoin kirkossa. Työn ohessa hän suoritti loppututkinnon ja yksinlaulun diplomin Sibelius-Akatemiassa opettajanaan professori Matti Lehtinen.
Hän oli kiinnitettynä Suomen Kansallisoopperan solistina vuosina 1987-2005 sekä lauloi lähes vuosittain Savonlinnan Oopperajuhlilla yli kahdenkymmenen vuoden ajan. Vuodesta 1996 lähtien hän on tehnyt laajan kansainvälisen uran oopperalaulajana, mm. Berliinissä, Münchenissä, Stuttgartissa, Wienissä, Lontoossa, Bregenzin ja Kanariansaarten musiikkijuhlilla sekä Buenos Airesissa. Konserttilaulajana hän on esiintynyt mm. Euroopassa,USA:ssa Kanadassa, Japanissa ja Venäjällä. Esa Ruuttusen yli 50 roolin luettelossa merkittävimpiä ovat Wagnerin Lentävä hollantilainen, Alberich ja Wotan, Enescun Oedipe, Puccinin Scarpia, Tikan Luther ja Kokkosen Paavo Ruotsalainen.
Esa Ruuttunen esiintyy edelleen vierailijana useissa oopperaproduktioissa kotimaassa, mm. lokakuussa 2019 Jyrki Linjaman kirkko-oopperan Kolme kirjettä Lestadiukselle nimiroolissa Oulun tuomiokirkossa, tammikuussa 2020 Tauno Pylkkäsen oopperassa Mare jahänen poikansa sekä lokakuussa Kari Tikan uutuusoopperassa Rakkaus on väkevä kuin kuolema, molemmat Helsingissä Aleksanterin teatterissa. Esa Ruuttunen on suosittu konserttilaulaja kirkko- ja muun hengellisen musiikin alalla ja hän on tehnyt runsaasti äänitallenteita. Vuosittain hänellä on edelleen runsaasti konsertteja Suomessa mm. Cello Spirituals -selloyhtyeen kanssa. Savonlinnan Oopperajuhlien vuoden taitelijaksi Esa Ruuttunen nimettiin kesällä 2000. Hän sai samana vuonna rovastin arvon, v.2001 Pro Finlandia -mitalin, v. 2004 Romanian valtion musiikkikomentajan arvon sekä v. 2012 Mikael Agricolan ristin. V. 2007 hänestä ilmestyi musiikkitietokirjailija Pekka Hakon kirjoittama henkilökuvateos Oopperapappi.
